«La raza humana se extinguirá en 2017.» Una singularidad se percibe en la organización Chaldea, encargada de preservar el futuro de la humanidad. Para solventarla, Rika Fujimaru y Mash Kyrielight se verán transportados hasta la ciudad de Fuyuki en el año 2004. La batalla por el futuro de la humanidad ha comenzado.
